逃過攝魂怪的追殺,通過魔法部的審查,哈利(丹尼爾·雷德克裏夫)終於回到美麗的霍格沃茲。然而這個學期並不輕松,他不僅要完成魔法等級考試,還要應對夜晚的噩夢和黑魔法防禦課老師烏姆裏奇的打壓。在好友的支持下,哈利秘密組建了鄧不利多軍團,與大家一起練習黑魔法防禦術。
噩夢中,哈利總是以伏地魔的視角出現,似乎他們之間有著某種神秘的聯系。在鄧不利多(邁克爾·剛本)的指示下,哈利向斯內普教授(阿倫·瑞克曼)學習封閉術,卻鮮有成效。終於在一次噩夢的誘使下,哈利偏執的趕往魔法部營救小天狼星,卻不想陷入伏地魔的圈套,引發鳳凰社與食死徒之間的正面沖突。在混戰中,小天狼星(加裏·奧德曼)不幸遇難。
究竟哈利與伏地魔(拉爾夫·費因斯)之間有著怎樣的聯系?在悲慟中,鄧不利多為哈利揭開謎底,哈利還有更長、更艱難的路要走……