又名: 電影版 TOKYO MER 行動急診室(臺) / Tokyo MER: Mobile Emergency Room - The Movie / Tokyo MER
TOKYO MER」正式認可半年。為了在全國政令指定城市開展MER,代替離開隊伍的音羽(賀來賢人)的第二醫生問題讓喜多見(鈴木亮平)頭痛不已。在隊伍內希望比奈(中條綾美)升格的聲音也提高,不過,音羽斷言比奈應該向循環器外科的道前進。比奈也感到壓力,煩惱著能不能代替音羽。這時,青戶(伊藤淳史)作為支援醫生來到MER。青戶和音羽一樣是厚生勞動省的醫科技術官,表面上是作為第二醫生候補的派遣,但那裏有厚生勞動省方面的想法。
就在這時,隅田川發生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。載著很多傷員,失去控製的屋形船暴走了。雖然是趕往現場的MER的成員們,但是因為不能接舷,所以不能進入。並且由於船底內部的燃料泄漏,裝載了很多的患者爆炸的可能性被發現!喜多見等人為了救助被遺棄的人們,進行了意料之外的作戰。那正是決死的挑戰。~