宋慈(何冰 飾)參加京試中了進士,預備返家完婚後隨同科好友孟良臣(吳軍 飾)赴邊城。豈知,直至完婚那日,宋慈父親宋鞏依舊未歸家。兩位新人正拜堂之際,一輛馬車卻載回了父親的遺體,宋鞏一生從事刑獄審戡,從未出錯,卻因一次誤判人命功虧一簣,這是以死謝罪,還留下遺書禁止宋門後代涉足刑獄。
豈料,禍不單行,孟良臣在上任途中被謀殺的噩耗傳回。在母親的勸導下,宋慈動身邊城,為摯友查明了案情,還它清白。由此,宋慈被破格提升為大理寺正六品主事,後又被任命外省提點刑獄。宋慈接連查明偵破了「太平縣冤案」、「李府連環案」、「毛竹塢無頭案」、「城南井屍案」、「遺扇嫁禍案」、「梁雨生命案」、「李玉姑失蹤案」等一樁又一樁的懸案……