20世紀90年代初,香江怒海,一代梟雄倪永孝(吳鎮宇 飾)雄霸黑道,風頭無兩。以此為契機,青春年少的警校學生陳永仁(余文樂 飾)肩負機密使命潛入黑道,從此開始了他無法回頭的黑暗人生。與此同時,精明狡猾的黑道頭目韓琛(曾誌偉 飾)密令弟子劉建明(陳冠希 飾)考入警校,成為他日後縱橫江湖最重要的一枚棋子。轉眼十年,風雲變幻。韓琛早已成為新千年的黑道霸主。一起毒品交易的攻防戰,令他和黃督察(黃秋生 飾)都敏銳地察覺到「內鬼」的存在。
在此之後,劉建明(劉德華 飾)與陳永仁(梁朝偉 飾)展開連番緊張危險的臥底角鬥。經歷無數腥風血雨,在無間地獄求生、痛苦片刻不停的二人不僅面臨最終對決,還將用畢生品味命運所施加的苦果……