2043年7月1日,犯罪大王將軍(盧惠光飾)被捕,一星期後由鐵面無私的法官余鐵雄(張衛健飾)主審。將軍特派其黑社會爪牙健(鄭伊健飾)返回50年前尋找鐵雄,並將其洗腦使他無法進行審判。政府知情後特派飛龍特警鐵面(劉德華飾)、掃帚頭(張學友飾)及發達星(任達華飾)返回1993年去保護鐵雄。
時大雄為93年一中學長期留班生,常遭同學余忌安(許誌安飾)作弄毒打,只有女友采妮(楊采妮飾)對他真心。飛龍三特警混進學校,掃帚頭當上老師,鐵面做大雄同學,星則任大雄跟班,幫大雄打贏忌安,並向他套取鐵雄下落,但大雄卻表示校內並無鐵雄此人。在這時健亦扮成老師混入學校,另一邊大雄母親要改嫁理查德余……最終飛龍特警能完成任務嗎?