為了救神谷薰(武井咲 飾),緋村劍心(佐藤健 飾)縱身躍入大海,昏迷中他飄到某座小島,最終為傳授了他飛天禦劍流的師父比古清十郎(福山雅治 飾)所救。深感到自身與誌誌雄真實(藤原龍也 飾)的巨大差距,為了拯救全日本,劍心懇請師傅傳授他飛天禦劍流的最高奧義。與此同時,誌誌雄劍指東京,邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文(小澤征悅 飾)對劊子手拔刀齋發布全國通緝令,得知消息的薰、左之助(青木崇高 飾)則匆匆向東京趕去。再度上路的劍心率先遭到禦庭番眾的首領四乃森蒼紫(伊勢谷友介 飾)的阻擊,他一路披荊斬棘,將迎來與宿命的對手誌誌雄最終的對決……
本片根據和月伸宏的同名經典漫畫改編。