《黑客帝國1》
不久的將來,網絡黑客尼奧對這個看似正常的現實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂,並見到了黑客組織的首領墨菲斯。墨菲斯告訴他,現實世界其實是由壹個名叫“母體”的計算機人工智能系統控制,人們就像他們飼養的動物,沒有自由和思想,而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。
可是,救贖之路從來都不會壹帆風順,到底哪裏才是真實的世界?如何才能打敗那些超人壹樣的特勤?尼奧是不是人類的希望?這是黑客的帝國,程序和代碼歡迎大家的到來。
《黑客帝國2》
上壹部結尾,尼奧終於意識到自己的能力和使命,中彈復活後,變成了無所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂,艦長墨菲斯回到了人類的基地錫安,受到人們的熱烈歡迎。
此時,“母體”決定先下手為強,派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地;墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”,尋找“制鑰者”,準備從內部破壞;而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題,脫離了“母體”的控制,擁有可怕的復制能力,阻礙尼奧他們的行動。
《黑客帝國3》
尼奧沒有能從內部摧毀“母體”,他的身體在真實世界的飛船上陷於昏迷,思想卻被困在介於“母體”和真實世界的中間地帶,這個地方由“火車人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奧的情況,在守護天使的帶領下, 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇,經過壹番激鬥,將尼奧救了出來。
此時,電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊,人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗,形勢危在旦夕;尼奧和崔妮蒂駕駛了壹艘飛船克服重重困難,到達機器城市,尼奧終於見到了機器世界的統治者“機器大帝”,雙方談判並達成了協議:尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯,以換取錫安的和平。