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承接前壹輯的《妙手仁心》,兩年後,風流不羈的黎國柱(林保怡飾)與冷靜聰明的江新月(陳慧珊飾),為延續兩人的愛情,保持著親蜜愛人卻不願同居的兩性關系。江新月的弟弟江滿月(蘇永康飾)因艾滋病發已逝世,離去前數月,滿月於街上拾回小狗仔仔,成為輪流寄養於各人家中的小狗。張創業(張家輝飾)與周淑茵(湯盈盈飾)已婚且於英國定居,而樂觀多言的張家裕(馬浚偉飾)與淩少霞(陳芝菁飾)則於非洲窮鄉中從事醫療工作。當周遭各人各有離合時,程至美(吳啟華飾)仍堅守著他的崗位及人生態度,拯救病人於死亡邊緣,每天盼望著昏迷兩載的女友唐姿禮(蔡少芬飾)醒過來。
壹切在院長羅孝齊(張同祖飾)領導下,平淡如水,直至三位年青醫生的加入,為原有這班人加添了歡笑及動力,從而對自我及生命有進壹步的了解。何心研(蒙嘉慧飾)是富家女,跟同樣出身豪門的風流醫生林敏智(陳豪飾)本是戀人,但程至美的出現使她認識到什麽才是細水長流的愛情。
黎國柱和助手阮朗平(陳潔儀飾)日夕相對,二人最終經不起誘惑,背著江新月發展另壹段感情。後來阮朗平對江新月感萬分歉疚,寧願獨自離開香港。不久,遠方傳來阮朗平懷孕的消息,黎國柱知道後即推測自己就是孩子的父親,情急下向江新月自揭偷情真相。
杏林先鋒再創生命奇跡,卻無法撫平感情上的創傷。程至美和黎國柱這兩位大國手,在醫學上屢創奇跡,面對感情時卻感到無能為力