神盾局特工第二季劇集依然將延續第一季矛盾重重的情勢,但遠比第一季要黑暗的多。2014年9月23日第二季上半集正式開播,第一集"特工卡特"獻身客串;與此同時,預告片也讓粉絲們有機會一睹部分新成員資深特工“伊莎貝拉”以及“吸收人”的真面容,還有具有特殊能力的仿聲鳥。除此,第二季充滿了各種疑團。復活的Coulson還是原來的Coulson麼,他服用GH-325後究竟看到了什麼;換了發型和S.O的Skye的能順利查探出她的身世之謎麼,之後她將如何發展;被稱為鐵騎的May究竟知道多少Coulson的秘密;而失去了信仰的Ward又將何去何從,他該如何面對May與Skye;受傷的Fitz能否恢復天才大腦,暫時離開作為九頭蛇臥底的Simmons能否逃過被洗腦的命運,GH-325為什麼使千裏眼和Coulson畫出方尖碑上的圖案,而方尖碑又擁有怎樣的力量,Skye的父親究竟是誰,一切謎團等待揭曉。